1991 года открывается новый период в истории Спасо-Яковлевского монастыря: он был возвращен Русской Православной Церкви и стал первой возрожденной обителью Ростова.

Монастырское богослужение было возобновлено на св. Пасху, 7 апреля 1991 г. В храме св. Димитрия Ростовского служил настоятель Ростовского Успенского собора игумен Сильвестр. Впервые за все последние десятилетия, в ту праздничную пасхальную ночь Спасо-Яковлевский монастырь был полон народа. Символично, что в 1991 г. Воскресение Христово совпало с Благовещением, так возрождение обители было ознаменовано слиянием двух великих праздников.

Первым наместником Спасо-Яковлевского монастыря стал архимандрит Евстафий, управлявший обителью восемь лет и достигший значительных успехов в ее восстановлении. В настоящее время Преосвященнейший епископ Евстафий возглавляет Читинскую и Забайкальскую епархию.

С 1990-х годов в Спасо-Яковлевском монастыре широко развернулись строительные работы и началось обустройство монастырского хозяйства: была построена котельная, проложены теплотрасса и водопровод.

В течение нескольких лет осуществлялось расселение жителей, занимавших квартиры в келейных корпусах. Со временем монастырь вернул себе все жилые площади, произвел перепланировку и ремонт помещений.

4 июня 1991 г. Ростовский музей передал Спасо-Яковлевскому монастырю мощи святителя Димитрия, крестным ходом они были перенесены в монастырь. Мощи прославленного чудотворца были возвращены на то место, где им было завещано храниться, а Яковлевский монастырь вновь обрел свою величайшую святыню. В конце того же года в обитель из музея были переданы мощи преподобного Авраамия, основателя древнейшего ростовского монастыря – Богоявленского Авраамиева.

Вскоре после своего возобновления Спасо-Яковлевский монастырь стал значительным духовным центром не только города, но и всей епархии. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, при посещении Яковлевского монастыря 13 мая 1993 г. в своем Слове, обращенном к насельникам обители, ростовскому духовенству, прихожанам и паломникам, сказал: «Да поможет Господь жителям этого града вернуться к благочестию их предков. А о том, что предки были благочестивы, свидетельствуют храмы Божии, которые создавались как место общей молитвы, где люди совершенствовались духовно. Дай Бог, что бы и нынешние поколения пришли бы к вере отцов».

Священно-архимандритами монастыря являлись ярославские владыки:
Архиепископ Платон (1991-1993)
Архиепископ Михей (1993-2002)
С 2002 г. обитель возглавляет архиепископ Кирилл.

По монастырскому уставу в Спасо-Яковлевском монастыре ежедневно проводятся богослужения. Круглогодично для служб открыта церковь св. Иакова Ростовского, в теплое время года используется храм св. Димитрия Ростовского. 10 декабря 2003 г., в день памяти основателя монастыря, было совершено торжественное освящение храма св. Иакова, которое произвел Высокопреосвященнейший архиепископ Кирилл в сослужении множества духовенства.

Обитель имеет собственную библиотеку, ризничную, иконописную мастерскую. Много сил было отдано налаживанию подсобного хозяйства. Ныне монастырь имеет обширные огороды, сенокосные угодья и скотный двор. Обитель содержит ряд мастерских, столярный цех, обширный транспортный парк. Действуют пекарня и просфорная, построены баня и прачечная.

Проявляя заботу о состоянии памятников монастырского ансамбля, регулярно производятся ремонтные и реставрационные работы: замена и окраска кровли, штукатурка и побелка стен, реставрация и консервация стенописей.

В стенах монастыря и на окружающей его территории произведена перепланировка: проложены мощеные дорожки, разбит яблоневый сад, устроены цветники, очищен пруд. В центре двора над источником сооружена деревянная часовня.

В настоящее время в составе братии – пятнадцать человек: наместник, четыре иеромонаха, четыре иеродиакона, два монаха и четыре послушника. В мае 2003 г. по благословению Высокопреосвященнейшего Кирилла, Архиепископа Ярославского и Ростовского решением Священного Синода наместником обители назначен иеромонах Серафим. C октября 2009 наместником назначен игумен Савва. Монастырским духовником является ростовский благочинный архимандрит Сильвестр.

С 2003 г. на территории монастыря по благословению владыки Кирилла размещено Духовное училище, в котором обретают знания и воспитываются будущие пастыри Русской Православной Церкви. Архиепископ Верейский Евгений, ректор Московской духовной академии, при посещении Яковлевского монастыря в октябре 2003 г. и знакомстве с семинарией, оставил в книге посетителей такую запись: «Духовная школа, нашедшая здесь приют, надеемся, будет укрепляться из года в год, а братия будет этому помогать».

Спасо-Яковлевская обитель открыта для паломников, все желающие могут посетить ее, для организованных паломнических групп проводятся экскурсии. Монастырь располагает возможностью для приема тех, кто хотел бы побывать здесь и помочь своими трудами возрождающейся обители.

Содержание монастыря, поддержание его памятников в должном состоянии, развитие монастырского хозяйства требуют немалых усилий и значительных средств. Возрождению монастыря способствуют каждодневный труд и неустанные молитвы братии.