В 1822 г. архимандрит Иннокентий направил в Синод доношение, в котором указывал, что «великое стечение богомольцев к мощам Угодников Яковлевской обители требует сохранения порядка в чиноположении», а при настоящем штате монашествующих поддерживать этот порядок затруднительно. Настоятель просил Синод увеличить число братии монастыря сообразно штатам первоклассных монастырей. Синод, найдя его просьбу уважительной, 9 октября 1822 г. определил прибавить в штат Яковлевского монастыря еще 16 человек. Размер официального годового оклада монастыря был увеличен до 2619 руб. 21 коп.

В 1834 г. ярославский губернатор К.М. Полторацкий составил прошение на высочайшее имя о возведении Спасо-Яковлевского монастыря на степень монастырей первоклассных. Основанием этого являлись древность и известность обители и, одновременно, испытываемый ею недостаток материальных средств. Прошение было передано на рассмотрение Синода, который постановил возвести Яковлевский монастырь из второго класса в первый, определив ежегодное штатное содержание в размере 4200 руб. 81 коп. 22 ноября 1834 г. новый штат этого монастыря был утвержден императором Николаем Александровичем. Открытие первоклассия торжественно отмечалось в Яковлевском монастыре 6 января 1835 г.

По прошению архимандрита Иннокентия, Синод указом от 11 сентября 1836 г., повелел, в память присоединения к Яковлевскому монастырю Спасского и в ознаменование уважения к находящимся в обители мощам Димитрия Ростовского, присвоить монастырю наименование Спасо-Яковлевский-Димитриев. С этого времени в иерархии православных русских обителей Ростовский Спасо-Яковлевский-Димитриев первоклассный ставропигиальный монастырь занял почетное шестое место.

В XIX столетии регулярный характер приобрели посещения Яковлевского монастыря представителями царствующего дома. Все императоры, правящие в России в XIX − начале XX века, почтили монастырь своим присутствием. Одним из наиболее запоминающихся было прибытие императора Александра Павловича 23 августа 1823 г. Император был встречен у святых ворот. К соборному Зачатиевскому храму Александр Павлович шествовал под пение тропаря св. Димитрию. По окончании литургии в настоятельских кельях императору был дан обед. Во второй половине дня государь знакомился с городом, но к семи вечера вновь вернулся в Яковлевский монастырь. Александр Павлович присутствовал на соборном молебне св. Димитрию, осмотрел ризницу и Димитриевский храм. Кроме того, он беседовал со старцем Амфилохием, гробовым иеромонахом при мощах св. Димитрия, и изволил наградить его наперсным крестом с бриллиантами. В память о своем приезде император пожаловал в монастырь 5 священнических и 5 диаконских облачений из белой парчи для соборного служения.

Спустя несколько лет, 17 ноября 1831 г., в Яковлевском монастыре побывал император Николай Павлович. Как отмечено в одной из ростовских монастырских хроник: «Из здешних святых обителей Император изволил удостоить своим посещением одну только Яковлевскую».

Итак, со второй половины XVIII в. монастырь переживает значительный подъем. Он становится объектом особого внимания со стороны царствующей фамилии. Умножается число жертвователей, в число которых входят как столичные аристократы, так и крестьяне окрестных сел. Монастырь богатеет. Заново в камне отстраивается его огромный архитектурный ансамбль. Возводятся два новых храма – величественный собор Димитрия Ростовского, ставший общепризнанным шедевром провинциального классицизма и его уменьшенное подобие – храм Иакова Ростовского.