Восточная часть монастырского двора была отдана храмам. В юго-восточном углу стоял старый монастырский собор − церковь Зачатия св. Анны с теплым приделом Иакова Ростовского, построенная в XVII в. В 1824 г., при архимандрите Иннокентии, Яковлевский придел Зачатиевского храма был разобран, а на его месте - основан новый просторный храм для зимних богослужений. На его устроение графиня А.А. Орлова-Чесменская пожертвовала 75 тысяч рублей. В 1836 г. церковь была освящена в честь основателя Зачатиевского монастыря Ростовского епископа Иакова.

В северо-восточном углу двора в 1795 г. был заложен новый монастырский собор − храм Димитрия Ростовского. Его сооружение было завершено в 1801 г. Для освящения этого храма, которое произошло в день памяти святителя Димитрия, 27 октября 1801 г., в монастырь прибыл Павел, архиепископ Ярославский и Ростовский. В 1804 г. в трапезе Димитриевского храма были устроены два придела; правый придел был посвящен св. Николаю, небесному патрону Николая Петровича Шереметева, на средства которого сооружался Димитриевский собор; левый придел посвящался св. Димитрию Солунскому − святому, тезоименитому ростовскому святителю Димитрию. Освящение приделов было произведено архимандритом Мелхиседеком 18 и 26 июня 1804 г.

По центру восточной стены монастырский ограды над святыми вратами возвышалась новая трехъярусная колокольня. На ней находилось 14 колоколов, самый тяжелый из которых весил 309 пудов 30 фунтов (5073 кг), а в верхнем ярусе были установлены колокольные часы.

Спасская церковь, бывший собор упраздненной Спасской обители находился в отдалении от парадного монастырского двора. Богослужение в ней производилось не регулярно, преимущественно, в теплое время года. Рядом со Спасским храмом находилось братское кладбище.

В середине 30-х годов XIX в. в Спасо-Яковлевском монастыре были закончены все крупные строительные работы. Сооружением двух новых храмов, освященных в честь двух ростовских чудотворцев, мощи которых хранились в монастыре − сопрестольников епископа Иакова и митрополита Димитрия, достойно завершилось создание нового монастырского архитектурного ансамбля.

В соответствии со штатом второклассных монастырей, братия Яковлевского монастыря не должна была превышать 16 человек. Судя по именному перечню 1802 г., в ее состав, за исключением настоятеля, входили 8 иеромонахов, 4 иеродиакона, 2 монаха и один послушник.

В 1820-х – 1830-х годах, в положении Спасо-Яковлевского монастыря происходят важные перемены, способствующие возвышению его статуса и укреплению материального положения.