январе 1918 г. в России вступило в силу новое законодательство о вероисповедании и церкви, принципиально изменившее условия существования религиозных учреждений. 20 января (12) февраля был принят декрет Совета народных комиссаров “О свободе совести, церковных и религиозных обществах”, ставший первым и основным постановлением советской власти, утверждающим новое отношение к церкви. Церковь отделялась от государства, церковные и религиозные общества лишались прав юридического лица, их имущество национализировалось и объявлялось “народным достоянием”. К концу лета 1918 г. Народный комиссариат юстиции разработал инструкцию о порядке проведения в жизнь этого декрета, в которой, в частности, определялось: “Имущества, которые находились в ведении ведомства православного вероисповедания, … переходят в непосредственное заведывание местных Советов Рабочих и Крестьянских Депутатов”. Все доходные церковно-монастырские имущества “как то: дома, земли, угодья, фабрики, свечные и другие заводы, рыбные промыслы, подворья, гостиницы, капиталы … незамедлительно отбираются” и поступают в полное распоряжение местных органов власти.

Проследим, как советское церковное законодательство повлияло на условия существования Спасо-Яковлевского монастыря.

Монастырская территория потеряла свою неприкосновенность. Жилые и хозяйственные строения монастыря были национализированы и перешли в ведение Ростовского совета депутатов. В циркуляре 1919 г., относящимся к декрету “О свободе совести”, предписывалось, что “совдепам необходимо озаботиться, чтобы большие общежительные монастырские корпуса не пустовали, а были использованы наиболее рациональным способом” путем устройства в них разнообразных “общеполезных учреждений”. И вот уже в 1919 г. часть комнат монастырских келейных корпусов заняли “пролетарские квартиры”. В монастырской гостинице разместился “советский лазарет”, а в соседнем монастырском флигеле проживали лазаретные служащие и беженцы. Монастырские помещения были приспособлены и для других “общеполезных учреждений”. Сохранились свидетельства, что в начале 1920-х годов на территории Спасо-Яковлевского монастыря тюрьма, концлагерь и колония. Так, в 1920 г. настоятель, епископ Иосиф в одном из своих писем отметил, что в его монастыре размещены дезертиры – “милая компания, водворенная на столь неподобающем месте”. По данным местной печати, в 1921 г. в Яковлевском монастыре был устроен “концентрационный лагерь для отбывания наказания преступниками, … буржуями”, а в 1923 г. – “колония малолетних преступников”.
Монастырь лишился основных источников дохода. Огромный монастырский капитал был национализирован. Пожертвования сократились до размеров подаяния.

На основании советского декрета “О музейном имуществе” от 10 октября 1918 г. Спасо-Яковлевский монастырь “как первоклассный памятник древнерусского искусства в целом, со всеми находящимися в нем зданиями, представляющими историко-художественное значение, а также и предметами церковной утвари художественно-археологической ценности” поступил в ведение Музейного отдела Наркомпроса. Наблюдение за состоянием памятников Яковлевского монастыря возлагалось на сотрудников Ростовского музея.

В апреле 1920 г. по решению X Ростовского уездного съезда советов в городе было произведено вскрытие мощей святых. Акция, приуроченная к пятидесятилетнему юбилею вождя пролетарской революции, проводилась по инициативе местных органов власти, вопреки желания верующих жителей города и уезда. Духовенство Яковлевского монастыря и Успенского собора выразили свой протест, организовав большой крестный ход из собора в монастырь. Однако, несмотря на это 26 апреля 1920 г. в Спасо-Яковлевском монастыре мощи св. Димитрия были вскрыты и освидетельствованы особой комиссией, в присутствии монастырской братии и при большом стечении народа.

26 апреля 1922 г. ВЦИК издал декрет об изъятии церковных ценностей, согласно которому местным органам власти предписывалось в кратчайший срок изъять из храмов и монастырей предметы, имеющие материальную ценность и сдать их в органы Народного комиссариата финансов. Спасо-Яковлевский монастырь был богатейшим в Ростове, поэтому не удивительно, что в общей массе ценностей, изъятых в Ростове и уезде, на его долю пришлось около 30% серебра, 80% золота и не менее половины драгоценных камней. В целом же, в 1922 г. монастырь потерял 888 кг серебра и 2 кг золота.

В 1920-е годы Спасо-Яковлевский монастырь, фактически, оставался действующим, хотя и существовал в виде церковно-монастырской общины. В двух монастырских храмах – теплом Яковлевском и холодном Димитриевском, богослужение продолжало совершаться до конца двадцатых годов. Закрытие монастырских храмов в 1929 г. означало окончательное упразднение Спасо-Яковлевского монастыря.

Между тем, и здесь Яковлевскому монастырю повезло, поскольку его архитектурный ансамбль практически полностью уцелел. Были сохранены все храмы и жилые постройки, часть хозяйственных сооружений и ограда. По всей видимости, этому отчасти способствовало использование массивных монастырских церквей в качестве военных и торговых складов, и приспособление келейных корпусов − двухэтажных, каменных и удобных − под жилье для горожан.

В середине 1980-х годов ансамбль Яковлевского монастыря, за исключением жилых сооружений, был передан Ростовскому музею. Бывшая обитель официально открылась для посещения экскурсантов. За это время территория внутри монастырской ограды и помещения храмов по мере возможности, приводились в порядок. Однако, монастырь недолго оставался музейным филиалом. В 1991 г. он был возвращен православной церкви и вновь стал действующим.

В целом, советский период истории монастыря, наступивший в октябре 1917 г., по праву является самым тяжелым. Никогда еще Спасо-Яковлевский монастырь не терял так много. За первое послереволюционное десятилетие он пережил национализацию банковского капитала и изъятие церковных ценностей, вскрытие мощей святых и судебный процесс над настоятелем, изгнание монашествующих и устройство в обители тюрьмы. Наконец, в 1929 г. он был окончательно упразднен. Прошло более семи десятилетий, прежде чем в монастырь вновь вернулась жизнь.