Настоятели монастыря
первых настоятелях Яковлевского монастыря сведений не сохранилось. В отдельных документах XVII века упоминаются имена двух игуменов: Павла (1624) и Иоакима (1686).
Начиная с первых лет XVIII столетия обителью управляли:
Никодим, игумен (упомянут в 1701–1703 гг.)
Иаков, игумен (1720–1734)
Иосиф, игумен (упомянут в 1734 г.)
Рафаил, игумен (упомянут в 1735 г.)
Боголеп, игумен (упомянут в 1736 г.)
Пармен, игумен (1737–1740)
Произведен во игумена из иеромонахов Ростовского архиерейского дома. Переведен в Ростовский Петровский монастырь.
Савватий, игумен (1740–1750)
Переведен из Ярославской Александровой пустыни. Скончался в 1750 г.
Серапион, игумен (1750–1753)
Произведен во игумена из иеромонахов Ярославского Толгского монастыря. Переведен в Пошехонский Николо-Тропский монастырь.
Гавриил, игумен (1753 – 1754)
Переведен из Ростовского Воскресенского, что в Караше монастыря.
Киприан, игумен (1754–1757)
Произведен во игумена из казначеев Ростовского архиерейского дома. Произведен в архимандрита и переведен в Ярославский Толгский монастырь.
Иларион, игумен (1757–1758)
Произведен в архимандрита и переведен в Ярославский Спасо-Преображенский монастырь.
Вонифатий Борецкий, архимандрит (1758–1761)
Являлся настоятелем Ростовского Спасо-Песоцкого монастыря. Яковлевская обитель была поручена ему «в смотрение».
Лука, иеросхимонах (1761–1763)
Переведен из Преображенского монастыря Харьковской епархии. Синодальным указом отстранен от настоятельства и переведен в Угличскую Югскую Дорофееву пустынь.
Павел, игумен (1763–1764)
Переведен из Угличской Югской Дорофеевой пустыни. Произведен в архимандрита и переведен в Угличский Воскресенский монастырь.
Иероним, иеромонах (1764-1765)
Из кафедральных наместников Ростовского архиерейского дома.
Павел, архимандрит (1765–1769)
Переведен из Свято-Духова монастыря Новгородской епархии. Скончался 17 ноября 1769 г., погребен при церкви Зачатия св. Анны, с западной стороны.
Герман, иеромонах (1769–1770)
Соборный иеромонах Троице-Сергиевой лавры, которому «в смотрение» был поручен Яковлевский монастырь «соборный иеромонах».
Ириней Братанович, архимандрит (1770–1775)
Переведен из Брянского Петропавловского монастыря Севской епархии. 26 апреля 1775 г. хиротонисан во епископа и определен в Вологодскую епархию.
Феоктист Могульский, архимандрит (1775–1776)
Из Киево-Златоверховского монастыря Киевской епархии. Переведен в Полтавский Крестовоздвиженский монастырь. Позднее, в 1787 г. был хиротонисан в архиепископа Белгородского.
Амфилохий Леонтович, архимандрит (1776–1786)
Из Полтавского Крестовоздвиженского монастыря. Переведен в Киевский Межигорский монастырь. Впоследствии был хиротонисан во епископа Переяславского и Борисопольского.
Авраам Флоринский, архимандрит (1786–1797)
Из Ростовского Богоявленского Авраамиева монастыря. Скончался 30 апреля 1797 г. и был похоронен за алтарем собора Зачатия св. Анны.
Мелхиседек Короткий, архимандрит (1797−1805).
Переведен из наместников Александро-Невской лавры. Впоследствии был настоятелем Арзамасского Высокогорского и Суздальского Спасо-Ефимиевского монастырей, закончил свою жизнь в 1841 г. схимником Оптиной пустыни.
Аполинарий Пуляшкин, архимандрит (1806−1818).
Переведен из Московского Златоустовского монастыря. Скончался 28 апреля 1818 г., погребен с южной стороны Зачатиевского собора.
Иннокентий Порецкий, архимандрит (1818−1847)
Произведен во архимандрита из иеромонахов Яковлевского монастыря. Скончался 27 февраля 1847 г., погребен в паперти Зачатиевского собора.
Поликарп Тугаринов, архимандрит (1847−1867)
Переведен из Переславского Троице-Данилова монастыря. Уволен на покой, скончался 18 ноября 1868 г., похоронен около южной стены храма Зачатия св. Анны.
Иларион, архимандрит (1867−1888)
Переведен из Спасо-Евфимиевского монастыря Суздальской епархии.
Епископ Амфилохий (1888−1893)
Викарий Ярославской епархии. Скончался 20 июля 1893 г., погребен в подклете Спасского храма.
Епископ Никон (1893−1895)
Из Спасо-Яковлевского монастыря был переведен епархиальным архиереем в Ташкент.
Антоний, архимандрит (1895−1898)
Из вологодских епископов. Переведен на покой в Московский Свято-Данилов монастырь.
Иаков, архимандрит (1898−1906)
Из Киево-Печерской лавры. Переведен в настоятели Московского Донского монастыря.
Анатолий, архимандрит (1906−1912)
Скончался в 1912 г.
Епископ Иосиф (1909−1923)
Из настоятелей Юрьевского монастыря Холмской епархии хиротонисан во епископа Угличского, викария Ярославской епархии. В 1923 г. посвящен во архиепископы, с 1926 г. − Ленинградский митрополит.
Тихон, архимандрит (1924-1929)
* * *
После возобновления деятельности монастыря в 1991 г., его настоятелями являлись архиереи Ярославской епархии:
Архиепископ Платон (1991−1993)
Архиепископ Михей (1993−2002)
С 2002 г. обитель возглавляет архиепископ Кирилл.
Наместники обители:
Евстафий (Евдокимов), архимандрит (1991-1999)
Из строителей Ярославского Толгского монастыря в мае 1991 г. назначен наместником вновь открываемого Спасо-Яковлевского монастыря. 24 апреля 1994 г. возведен в сан архимандрита. Решением Синода от декабря 1999 г. возведен в сан епископа и наречен епископом Читинским и Забайкальским.
Димитрий (Буров), иеромонах (2000-2003)
Серафим (Симонов), игумен (с 2003)
В мае 2003 г. по благословению архиепископа Кирилла, решением Священного Синода наместником обители назначен иеромонах Серафим. В 2004 г. удостоен сана игумена.
Савва,(Михеев) игумен (2009-2011)
В ноябре 2009 г. по благословению архиепископа Кирилла, решением Священного Синода наместником обители утвержден игумен Савва.
Августин,(Неводничек) игумен (2011-2022)
30 мая 2011 г., по прошению Высокопреосвященного архиепископа Ярославского и Ростовского Кирилла на должность наместника Спасо-Яковлевского Димитриева мужского монастыря города Ростова Великого назначен игумен Августин.
В июне 2022 года, по прошению митрополита Ярославского и Ростовского Вадима на должность наместника Спасо-Яковлевского Димитриева монастыря г. Ростова Великого назначен игумен Сергий (Губин).