Согласно церковной традиции, архимандритов, игуменов и наместников Спасо-Яковлевского монастыря хоронили около монастырского собора – вокруг Зачатиевского храма и пристроенной к нему Яковлевской церкви. Не случайно в одном из монастырских изданий пространство близ алтаря Зачатиевского храма названо “местом архимандритов, прежде бывших”. Так, в паперти Зачатиевской церкви был похоронен архимандрит Иннокентий; рядом со входом в Яковлевскую церковь – архимандрит Павел; около алтаря Зачатиевского храма – архимандрит Август, архимандрит Авраам и наместник Флавиан; с южной стороны церкви Зачатия – архимандрит Аполлинарий, архимандрит Поликарп и игумен Неофит.

Август, архимандрит (1769−1845 гг.) Скончался 15 июня 1845 г. Похоронен около церкви Зачатия, с восточной стороны.

Авраам, архимандрит. Скончался 31 апреля 1797 г., в возрасте 74 лет. Похоронен около церкви Зачатия.

Амфилохий, епископ. Скончался 20 июля 1893 г., похоронен в Сергиевской церкви, устроенной под Спасским храмом.

Аполлинарий, архимандрит (21 февраля 1760 г. − 25 апреля 1818 г.) Похоронен около церкви Иакова, с южной стороны.

Аполос, архимандрит. Похоронен около церкви Зачатия, с восточной стороны.

Иннокентий, архимандрит. Скончался 27 февраля 1847 г., похоронен в паперти Зачатиевской церкви.

Неофит, игумен, наместник. Скончался в 1909 г., в возрасте 81 года. Похоронен около церкви св. Димитрия или Зачатия.

Никон, архимандрит, наместник. Скончался 18 октября 1913 г. Похоронен около церкви Спаса, с восточной стороны.

Павел, архимандрит. Скончался 17 ноября 1769 г. Погребен у западной стены Зачатиевского храма.

Пахомий (в схиме Пантелеймон), архимандрит, наместник. Скончался 19 октября 1904 г. Похоронен около церкви Зачатия, с южной стороны.

Поликарп, архимандрит. Скончался 18 ноября 1868 г., в возрасте 76 лет. Похоронен около церкви Зачатия, с южной стороны.