Монастырское богослужение было возобновлено на св. Пасху, 7 апреля 1991 г. В храме св. Димитрия Ростовского служил настоятель Ростовского Успенского собора игумен Сильвестр. Впервые за все последние десятилетия, в ту праздничную пасхальную ночь Спасо-Яковлевский монастырь был полон народа. Символично, что в том году Воскресение Христово совпало с Благовещением, так возрождение обители было ознаменовано слиянием двух великих праздников.

«Возрождение монастырей было и остается подлинным Божьим чудом, показавшим и всякий раз доказывающим нам, что духовные силы русского народа не иссякли, что он, как и прежде, хранит в сердце веру Христову и любовь к Матери-Церкви».
Кирилл, Архиепископ Ярославский и Ростовский

Со времени своего возобновления, Спасо-Яковлевская обитель была удостоена особого статуса − ее священноархимандритами являлись ярославские владыки:

Архиепископ Платон (1991−1993)

Архиепископ Михей (1993−2002)

Архиепископ Кирилл (2002−2011)

С 2011 г. обитель возглавляет митрополит Пантелеимон.

Первым наместником Спасо-Яковлевского монастыря стал архимандрит Евстафий, управлявший обителью восемь лет и достигший значительных успехов в ее восстановлении. В настоящее время Преосвященнейший епископ Евстафий возглавляет Читинскую и Забайкальскую епархию.

«Поначалу нас прибыло в Ростов и пришло в монастырь четверо, − вспоминал архимандрит Евстафий, − первые насельники. Вокруг царило полное запустение: облупившиеся стены храмов, обвалившаяся штукатурка, со стен и сводов церквей смотрели почерневшие от сырости лики святых. Первый вопрос был: «С чего начать? Место новое, ни связей, ни знакомых. Кто поможет? Выделили нам одну небольшую комнатушку, которую освободило руководство располагавшегося здесь детского сада. С этого и начали мы, что называется, создавать новую историю монастыря. Своей техники поначалу не было никакой. Стали обращаться в местные организации, к военным. И везде − вот знамение времени, находили понимание и поддержку, существенную реальную помощь».

С начала 1990-х годов в Спасо-Яковлевском монастыре широко развернулись строительные работы и обустройство монастырского хозяйства: была построена котельная, проложены теплотрасса и водопровод. В течение нескольких лет осуществлялось расселение жителей, занимавших квартиры в келейных корпусах. Со временем монастырь вернул себе все жилые площади, произвел перепланировку и ремонт помещений.

4 июня 1991 г. Ростовский музей передал Спасо-Яковлевскому монастырю мощи святителя Димитрия. Крестным ходом они были перенесены в монастырь. Мощи прославленного Чудотворца были возвращены на то место, где им было завещано храниться, а Яковлевский монастырь вновь обрел свою величайшую святыню. В конце того же года в обитель из музея были переданы мощи преподобного Авраамия, основателя древнейшего ростовского монастыря – Богоявленского Авраамиева.

Вскоре после своего возобновления Спасо-Яковлевский монастырь стал значительным духовным центром не только города, но и всей епархии. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, при посещении Яковлевского монастыря 13 мая 1993 г. в своем Слове, обращенном к насельникам обители, ростовскому духовенству, прихожанам и паломникам, сказал: «Да поможет Господь жителям этого града вернуться к благочестию их предков. А о том, что предки были благочестивы, свидетельствуют храмы Божии, которые создавались как место общей молитвы, где люди совершенствовались духовно. Дай Бог, что бы и нынешние поколения пришли бы к вере отцов».

Большую лепту в становление Спасо-Яковлевского монастыря и его духовное возрождение внес почитаемый в Ярославской епархии старец архимандрит Павел (Груздев) (1911-1996). Его дар прозорливости был всем известен, и многие просили его молитв и советов. Несмотря на свои преклонные годы, он любил бывать здесь и приезжал в обитель два-три раза в год. В Яковлевском монастыре бережно хранятся иконы, подаренные отцом Павлом. Многие из первых монашествующих пришли в этот монастырь по его благословению. Братия обители часто посещают могилу отца Павла, служат панихиды, испрашивают благословение на важные дела.

По монастырскому уставу в Спасо-Яковлевском монастыре ежедневно проводятся богослужения. Круглогодично для служб открыта церковь св. Иакова Ростовского, в теплое время года используется храм св. Димитрия Ростовского.

В мае 2011 г., согласно прошению Архиепископа Ярославского и Ростовского Кирилла, Священным Синодом наместником Спасо-Яковлевского мужского монастыря назначен игумен Августин.

Монастырским духовником является настоятель храма св. Андрея Стратилата Ростовского района архимандрит Сильвестр.

В настоящее время в составе братии – семнадцать человек: 3 игумена, 7 иеромонахов, 4 иеродиакона, схимонах,2 инока и 4 послушника.

Каждодневный труд и неустанные молитвы братии способствуют возрождению монастыря.

Обитель имеет собственную библиотеку, ризничную, иконописную мастерскую.

1 августа 2004 г. в Спасо-Яковлевском монастыре открылся первый в Ростовском округе Православный миссионерский центр, главной задачей которого является духовно-нравственная просветительская деятельность. Здесь организуются православные праздники для детей и взрослых, духовно-просветительские лектории, паломнические поездки по святым местам. В рамках Миссионерского центра организован Детский православный клуб.

С июля 2010 г. при монастыре действует Школа искусств и музыки имени святителя Димитрия Ростовского.

Для поддержания своего обширного хозяйства монастырь содержит собственные производственные мастерские, располагает транспортным парком. Построены баня и прачечная. Действуют пекарня и просфорная.

Монастырские власти проявляют заботу о состоянии памятников монастырского ансамбля. В обители регулярно производятся ремонтные и реставрационные работы: замена и окраска кровли, штукатурка и побелка стен, реставрация и консервация стенописей. Осуществляются и достаточно серьезные восстановительные проекты, такие как установка нового иконостаса в храме св. Иакова.

В стенах монастыря и на окружающей его территории произведена перепланировка: проложены мощеные дорожки, разбит яблоневый сад, устроены цветники, очищен пруд. В центре двора над источником сооружена деревянная часовня. Стараниями насельников, паломников и прихожан монастырский двор неустанно благоукрашается. Особенно красиво в обители летом: молодой яблоневый сад, аллеи шиповника и барбариса, туи и роз, множество разнообразных цветов, яркая зелень газонов.

Много сил было отдано налаживанию подсобного хозяйства. Ныне монастырь имеет обширные огороды, сенокосные угодья и скотный двор. «Мы кормимся своим собственным урожаем – рассказывает игумен Серафим, – угощаем паломников, кормим студентов духовного училища. Выращиваем перец, баклажаны, помидоры, огурцы. В десяти километрах от монастыря у нас 10 гектаров под зерновые, засеяли ячмень, есть покосы. Перед посевом всегда служим молебны. Наши коровы дают молока до 40 литров в день. Сами сыр делаем, творог. Возили свои продукты на Рождественскую выставку в Москву – все разобрали. В епархии получили диплом за соленья и монастырские наливки».

Особенно славится монастырский хлеб. Пекут его здесь в русской печи и называют постным куличом: он большой, белый и необыкновенно вкусный – и своей формой действительно напоминает высокий пасхальный кулич.

Спасо-Яковлевская обитель открыта для паломников, все желающие могут посетить ее, для организованных паломнических групп проводятся экскурсии. Монастырь располагает возможностью для приема тех, кто хотел бы побывать здесь и помочь своими трудами возрождающейся обители.

Содержание монастыря, поддержание его памятников в должном состоянии, развитие монастырского хозяйства требуют немалых усилий и значительных средств.

Годы, прошедшие со времени возобновления Спасо-Яковлевского монастыря явили его новое преображение. И сегодня не покладая рук трудятся здесь во славу Божию иноки, возрождая Димитриеву обитель и возвращая древней ростовской святыне былое величие и великолепие.