«Если мы при освящении наименовали храм сей храмом святителя Иакова, то этим самым поручили ему храм, благоговейно пригласили сего святителя быть его покровителем и начальником. И святитель, живущий в Боге Человеколюбце, по человеколюбию, без сомнения, не отрекся от этого приглашения. Какое утверждение храму! Какая помощь нам, немощно и недостойно служащим! Какое утешение вам, предстоящим!»
(Московский Митрополит Филарет.
Из слова при освящении храма Святителя Иакова
в Спасо-Яковлевском монастыре 14 июня 1836 г.)

В 1824 г. Яковлевский придел Зачатиевского собора был разобран, в том же году на его месте начинается сооружение просторного каменного храма св. Иакова Ростовского. Он был предназначен стать теплым храмом для проведения зимних монастырских богослужений. Новая церковь создавалась попечением настоятеля монастыря архимандрита Иннокентия и наместника иеромонаха Флавиана. На ее строительство графиня Анна Алексеевна Орлова-Чесменская пожертвовала 7500 рублей. В память об этом для поминовения ее рода в Яковлевском храме ежедневно служилась ранняя литургия. 14 июня 1836 г. церковь св. Иакова освятил Филарет, митрополит Московский и Коломенский.

Расположенная между Зачатиевской и Димитриевской церквями, Яковлевская церковь завершила стройную и величественную композицию трех, стоящих в один ряд монастырских храмов. Южной стеной церковь св. Иакова вплотную примыкала к старому монастырскому собору, а ее северный фасад был обращен к храму св. Димитрия.

С первого взгляда заметно, что в архитектуре Яковлевского храма прослеживается стремление к подражанию стоящей рядом Димитриевской церкви. Внешнее сходство двух храмов не случайно и, по всей видимости, продиктовано желанием архимандрита Иннокентия. По монастырскому преданию, «храм св. Иакова служит незабвенным памятником милостивого благоволения к Яковлевской обители императора Александра I». Во время посещения монастыря в августе 1823 г. государь, узнав о намерении архимандрита Иннокентия построить храм св. Иакова, «обратился к церкви святителя Димитрия и, с лестной похвалою отозвавшись об изяществе ее архитектуры, присовокупил, чтобы и новый храм во имя св. Иакова сооружен был в том же вкусе».

В уподоблении двух этих церквей следует видеть нечто большее, чем следование одному архитектурному стилю – здесь прослеживается идея тождественности двух святителей Иакова и Димитрия. Самим фактом устроения в монастыре посвященных им храмов утверждалась их значимость в системе монастырских ценностей, отразилась программа Яковлевского монастыря, заключающаяся в прославлении небесных покровителей обители.